12月11日至15日，应德国马普学会和亥姆霍兹国家研究中心联合会的邀请，中国科学院院长路甬祥一行赴德国进行了访问。此次访问主要围绕德国相关机构的海洋以及海岸带研究等问题展开。
12月11日，路甬祥访问了位于德国Geesthacht亥姆霍兹联合会下属的GKSS研究中心。GKSS研究中心主任Kaysser向代表团介绍了该中心的概况和未来发展战略，海岸带研究所所长Colijn介绍了海岸带研究所的主要研究工作、海岸带陆海相互作用国际办公室以及与中国的合作等情况。该中心的相关研究人员还就海岸带综合观测和新型镁合金材料研究等工作向代表团作了介绍。应德方的请求，中科院国际合作局局长吕永龙向德方介绍了中科院国际合作的相关情况，青岛海洋所所长孙松向德方介绍了海洋所概况和相关研究工作。会后，中科院资环局副局长常旭和烟台海岸带可持续发展研究所所长施平与Colijn就两所合作事宜进行了会谈。
11日下午，代表团访问了汉堡市内的马普学会气象研究所。该所执行所长Marotzke重点介绍了该所的科研布局。气象研究所的相关科研人员还介绍了“千年实验”和ICON项目的最新进展。
12日，路甬祥一行访问了位于不来梅市的马普学会海洋微生物研究所。研究所执行所长Amann向代表团成员介绍了该所在海洋微生物基因多样性以及分子生态学方法等领域研究的进展。来自不来梅海洋环境科学中心和不来梅热带海洋生态研究中心的研究人员还分别介绍了“不来梅海岸带地质研究”和“富营养化效应对海岸生态系统影响”等情况。吕永龙、施平、孙松向德方介绍了各自的有关工作。随后，代表团成员参观了研究所的微传感器实验室和分子生态学实验室。随后，代表团还应不来梅环境科学中心的邀请，实地参观了中心的岩芯库以及相关海洋考察装备。
13日至14日，代表团成员访问了海德堡大学，与中科院在该校从事合作研究的青年学者举行了座谈并实地参观了实验室。
15日，应德国亥姆霍兹国家研究中心联合会主席Mlynek的邀请，路甬祥一行访问了位于柏林的中心联合会总部。Mlynek介绍了亥姆霍兹学会的基本情况，并重点介绍了目前亥姆霍兹学会组织进行的大科学工程项目，以及重大设备研制如新型北极考察船和核物理应用等方面的工作。路甬祥对于能够在柏林与Mlynek再次会面感到高兴，他建议双方未来在大科学工程、能源、环境和健康等领域创新合作机制，开展互利互补性研究项目合作。路甬祥特别指出，2009年是德国的科学年，中德双方可以借此契机，寻找共同感兴趣的领域并组织大的合作项目。在会谈中，中科院基础局局长李定向德方介绍了中科院在基础科学研究领域的相关大科学工程项目，吕永龙向德方介绍了中科院国际合作的基本方针、相关的合作计划和已有的成熟合作模式。会谈结束后，路甬祥和Mlynek主席共同签署了“中国科学院和亥姆霍兹国家研究中心联合会框架合作协议”，协议确定两家科研机构将在能源、环境、大科学工程和健康等四大领域开展实质性项目合作。
在德期间，路甬祥一行会见了我国驻德大使马灿荣。
