作为非公募基金会的南都在筹资上基本没有压力，最主要的捐赠人南都集团又认同他们做资助的大方向。而扶贫基金会则不是，他们筹集到的钱，捐赠人通常已经指定了用途，要么用于捐赠爱心包裹，要么用于建设贫困地区的学生宿舍等等，真正能让他们自己决定怎么花的非定向捐赠每年都少之又少。刘文奎说，很多时候扶贫基金会不得不从自己的管理费中抽取一部分，以进行新项目和新领域的尝试。
“通常大灾之后是推进资助和合作项目比较好的时机。这时候的捐赠很多，虽然指向某个地区，但通常并没有指定具体的用途和项目。”王军负责救灾项目多年，经历了2008年汶川地震、2010年玉树地震和今年的芦山地震的救灾和灾后重建工作。他发现，在大灾中，很多捐赠人并没有想好捐款的具体用途，每到这种时候，他们就有比较大的空间去和捐赠人商量，这钱是不是可以换种方法用。所以他觉得，在普遍公益慈善理念并不成熟的眼下，公募基金会和民间公益机构合作的步子只能一点点挪着往前走。
第一步通常是基金会通过招标购买草根组织的服务。在草根组织初创期，有项目做便意味着不会饿死，同时还能锻炼队伍，积累地方资源。2008年汶川地震后，耐克捐赠了一笔钱给扶贫基金会，要求在灾区做青少年心理健康服务类项目。扶贫基金会与国际美慈组织一起，将美慈使用多年的国际方案本土化后起名为“加油”项目，由扶贫基金会运作了一年。2009年，扶贫基金会与耐克协商对这个项目进行创新，通过公开招标的方式，选取5家四川本土组织继续执行“加油”，使之更加本地化。基于一年的合作与信任，耐克接受了这个建议。这5家草根组织又在当地运作了两年“加油”项目，使之覆盖了26个县区、194所学校，受益儿童3000多名。这是扶贫基金会招标草根组织服务的首次尝试。
2010年4月玉树地震时，服务招标和采购得到了加多宝的支持，草根组织也从“加油”项目时单纯的执行者变成了设计者。青海格桑花教育救助会就曾经与扶贫基金会在这期间有过两次合作：一次是在两个县的学校发放爱心包裹；一次是申报了囊谦5所小学光伏电站需求，获批后负责电站的建设执行。但在格桑花理事长洪波看来，这都不算资助，“我们是做助学的机构，搞硬件建设并不符合机构长远发展的需求，所以这笔资助我们也算是执行方，只是需求是我们发现和上报的，我们之间的关系更像是商业上的上下游关系。”
在草根组织心目中，真正的资助是双方从项目合作上升为战略合作的伙伴关系。资助和采购的差别，是“伙伴与伙计”的差别，关键在于到底以谁的需求为主导。
即便如此，在这次扶贫基金会与草根组织的合作中，前者还因为对政策的谨慎解读，不得不另外引入南都基金会的资助。“做玉树项目的时候，扶贫（基金会）有一个关于管理费的误区，拿了1000万出来做项目招标，但坚持要求基金会和草根组织的管理费总计不超过10%（《基金会管理条例》规定的最高提取比例），基金会的管理费是6%，留给执行机构的空间就非常小。”南都基金会秘书长刘洲鸿回忆道，“所以那次南都出了一笔钱，帮草根组织把管理费补齐。”
并非所有的障碍都来源于捐赠人理念的落后，草根组织的能力不足以及行业支持体系的薄弱，也是捐赠人和基金会在资助时有所犹疑的原因。目前国内的大量草根组织都是在2008年以后才成立的，这是因为汶川地震引发了这个行业的爆炸性增长，而在这之前的很长一段时间里，中国的草根公益组织的增长相当缓慢，水平参差不齐，草根组织的专业能力和职业能力依然为基金会所诟病。
“把项目设计好了给他们都做不好，钱拨过去了，财务报告拖了两年都交不上来，怎么资助他们做自己的项目？”一位在公益行业浸淫多年的人士说，因其如此，他所在的机构目前仍以服务采购为主要资助方式。
但更多的草根组织却有了更多的需求。“益多公益的于涛、益众社区发展中心的倪凯志、心家园的但小莉、大地社区服务中心的陈涛，都是地震的时候来的，地震完了决定留下来。一方面觉得还有很多事没做完，另一方面觉得这也是个新的机会。”四川尚明公益发展研究中心首席研究员郭虹说，这样的人在成都公益圈一抓一大把。他们基本都接受过恩派公益组织发展中心的孵化和培训，也经过了英国大使馆文化处关于社会企业的启蒙，但当机构发展到第6年，往往遇到瓶颈。
倪凯志原来做的是市场营销，地震后注册机构开始做社区服务。他接受过扶贫基金会的采购。重建期过后，他开始设计新的机构项目，大致方向是通过发展公益性的农村旅游，增加农民在本地的收入和就业机会。他的项目拿过很多业内的奖，但如今推进得并不顺利，有人去听培训，发现导师讲课时用的依然是多年前的那个PPT。理论指导不了当下实践，实践经验的交流变得越来越重要。
除了把简单的资金给予转变为对草根组织的战略性支持，在资助时更看重草根组织的主导作用外，扶贫基金会还希望将自己在农村工作中20多年的经验分享给草根组织们，以达成陪伴式成长，并且以基金会作为平台，整合更多社会资源。这意味着扶贫基金会在这一类资助项目中，需要投入更多的资源和能力，并且更多地考虑对方的需求。“这对于我们来说，也是一次新的挑战，我们也需要边摸索，边实践。”王军说。
考虑到转型的难度，何道峰没有为转型设置任何时间节点，“顺其自然吧。”他说，他很清楚影响这一转型进度的因素太多了。
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